「ゲノムアームズ」の能力を獲得した主人公たちだが、敵であるGEMは次第に強くなり、苦戦するようになっていく。
その原因が「GEMの共食いによるゲノムの強化」だと気づいた主人公たちは、自分たちもGEMからゲノムを採取することに……。

有為時空を徘徊するGEMを倒すことで、そのゲノムを採取して「アンプル」を獲得できる。
アンプルは「地・水・火・風・空・識」の６属性に加えて、そのゲノムの強さを表すランクなどでも分けられる。
GEMごとに手に入るアンプルの属性やランクが異なる。

ゲノム編集ツールの合成や注入、管理は、実験室の端末に搭載された「みんなのゲノム」というアプリケーションで行う。
このアプリは主人公たちの仲間の一人である、クロエ（通称ココ）が作ったもの。
「GEM」の感染を防ぐ抑制酵素もこの機材で作られた。

ゲノムコンバインは、アンプルを合成することで「ゲノムキューブ」を制作する工程。
「ゲノムキューブ」にすることで、そのままでは取り込めないGEMのゲノムを、主人公たちの体に注入することができる。
ゲノムキューブには、 「基本性能」と「追加性能」の2種類があり、キャラクターの能力を強化する効果をもつ。
さらに、名前にXとつくアンプルを素材に含めることで、「パッシブスキル」という特殊効果がランダムでつくことがある。

また、ゲノムコンバインでは素材となるアンプルだけでなく、お守りや研究論文などの外的要因（EX Factor）でも、合成結果に影響を与えられる。

「ゲノムインジェクション」で、ゲノムキューブを注入することでキャラクターを強化できる。
注入できる数やランクの上限はゲーム進行によって解放されていき、最大で８枠に注入可能となる。
どのゲノムキューブにするかで、戦闘スタイルにも影響するのでしっかりと選ぼう。

ゲノムキューブは何度でも付け替え可能で、仲間とも共有できる。
チーム全体のバランスを考えて注入するゲノムキューブを選択することも必要となる。

キューブがもつ特定の基本性能や追加性能を引き上げるボーナス。
キャラクターの部位ごとに設定されている。

注入された属性の数に応じてキャラクターを強化する。
「地・水・火・風・空・識」の６属性ごとにそれぞれの効果があり、
同じ属性を一定数注入することで発動する。