1929年、突如として大勢の人々が人ならざる者【キメラ】に変化する怪現象が発生する。
原因は過去に落下した、通称【ブラックガーネット】と呼ばれる隕石がもたらした未知のウイルスによるものだった。

【キメラウイルス】と名付けられたウイルスは世界的パンデミックを引き起こし、人類は総人口の3%を失う事となる。
この非常事態に国は“鎖国”という方針をとり外部からのウイルス侵入を遮断、
更に国内に残るキメラ迎撃のため【特務機関ACID】が組織される。

そして時は流れ、特務機関ACIDは今なお人を脅かすキメラを撲滅する為、特殊部隊ワルキューレを創設する。